Ponieważ fluor wykazuje ogromne działanie wzmacniające szkliwo, znalazł zastosowanie w zabiegach stomatologicznych, mających na celu ochronę zębów przed próchnicą.

• Uodparnia szkliwo zębów na działanie szkodliwych kwasów i bakterii.
• Wspomaga tak zwaną remineralizację szkliwa, czyli odbudowę w miejscach, gdzie pojawiają się drobne ubytki;
• Hamuje rozwój bakterii, które przyczyniają się do powstawania próchnicy
  Tworzy na zębach barierę, która utrudnia przywieranie osadu i tworzenie się kamienia nazębnego.

Najczęściej stosowanym zabiegiem jest fluoryzacja. Przepisy mówią, że fluoryzacja zębów u uczniów szkół podstawowych w klasach I-VI, powinna być przeprowadzana przez pielęgniarkę szkolną na terenach, na których poziom fluorków w wodzie pitnej
nie przekracza 1mg/l wody. Na takich obszarach zabiegi odbywają się 6 razy w roku co 6 tygodni.